1、快速启动发酵。一般在夏季，经微生物发酵剂处理的鸡粪堆肥达到无害化指标的堆制时间一般为20天左右，而自然发酵达到这一指标时间常需60天左右。主要是因为微生物的生长繁殖，使物料中物质发酵降解，缩短堆肥达到高温阶段的时间，并延长高温期。而在冬季尤其是北方，由于气温太低，难以启动发酵，可以在鸡粪中添加发酵剂微生物，便可快速启动鸡粪发酵。
1、消灭病原微生物。在微生物菌剂处理鸡粪的过程中，温度可达65℃~70℃甚至更高，高温不仅使鸡粪等物料快速腐熟，而更重要的是能有效地杀灭其中病原微生物或病毒，其中50℃~70℃的堆温，持续6~7天，对虫卵和病原菌。即可达到很好的致死效果，如禽流感病毒，60℃~70℃高温数分钟便可致其死亡。
2、去除臭味。在鸡粪中添加微生物菌剂，可以有效祛除恶臭气体。这主要是由于微生物可以将不含氮、硫的有机物质如苯酚、羧酸、甲醛等被分解为CO2和H20;将含氮的有机物氨化为NH3，NH3可被亚硝化细菌氧化为NO2-，再进一步被硝化细菌氧化为N03-;含硫的恶臭物质经微生物分解释放出H2S，被硫氧化细菌氧化成为硫酸等，使污染物得以去除。
4、酶活性变化。鸡粪堆积发酵过程中的一切生物化学过程都是在酶的参与下进行的，酶活性大小反映了有机物料堆制中各种生物化学过程的强度。接种微生物菌剂的鸡粪堆肥，由于菌剂中含有较多产纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶和过氧化氢酶等酶的微生物。因此，其各种酶活性显著高于自然堆制。
5、增加肥效。微生物可以分解鸡粪中的淀粉、脂类化合物、半纤维素和蛋白质等较易分解的物质以及部分纤维素和少量木质素，其中部分转化为水溶性碳、氮化合物，同时初期被微生物利用的部分碳、氮源随着微生物的死亡而被逐渐分解释放。因此，可以增加粪便中水溶性碳、氮的含量。与鸡粪自然发酵相比，由于微生物菌剂产生的各种酶类能催化有机质快速转化为腐殖态，接种微生物菌剂的堆肥在相同时间里能合成较多腐殖态碳、氮。另一方面，微生物菌剂能产生一些酸性物质，降低鸡粪的PH值，减少鸡粪发酵过程中氨的挥发，保持较多氮素，提高肥效，保护环境。
6、提高对作物的安全性。尿酸、NH4+-N是鸡粪中主要影响作物正常生长的物质，微生物菌剂能促进堆肥中的氮物质向蛋白氮和NH3+-N转化，减少NH4+-N的累积，能快速消除或减少致使作物生长障碍的物质。
7、可制作成其他动物的粗饲料 。鸡粪干物质中粗蛋白占31%~33%，其中有一半以上是尿酸、尿素、肌酸、氨等非蛋白氮以及鸡粪本身含有的粗纤维和垫草中的大量粗纤维。所以鸡粪是养殖畜、禽、鱼的好饲料，但生鸡粪中含有寄生虫卵及一些有毒物质和病菌，不能用生鸡粪直接进行饲喂，必须在鸡粪中添加微生物菌剂进行高温发酵处理，才能成为无毒且营养丰富的饲料。
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