每次一到蘑菇收尾的季节，如何妥善处理菌渣又摆在了广大农户的面前。随着环境保护力度的加强，菌渣不能像以往那样直接燃烧，也不能堆放在房前屋后、田间地头。直接燃烧不但会污染空气还会造成资源浪费，而堆放会给附近居民生活环境造成严重影响，也给下一季食用菌生产环境带来杂菌污染，造成严重的损失。有人提出把菌渣变废为宝经过发酵制成有机肥，那怎么利用菌渣生产有机肥呢？
在利用食用菌菌渣制造有机肥过程中，首先是要分析菌渣的有机质、氮、磷、钾等营养元素含量和水分含量，也要分析菌渣中的汞、铬、镉、砷、铅等的含量，从而确定该菌渣的利用价值。一般来讲，菌渣中的重金属不会超标。
水分含量是利用菌渣制造有机肥的重要影响因素。通常，在收获完食用菌的菌渣中水分含量不高，一般在40%以下，在生产有机肥过程中水分含量就能降低到30%以下，满足有机肥的水分要求。如果菌渣被雨水淋湿，那水分含量可能达到60%以上，必须先采用脱水方法，可以将收回的菌渣放置在避雨的地方堆放一段时间就可以降低水分含量至40%以下。
将这些水分含量在40%以下的菌渣利用半湿粉碎机粉碎至40目以下，用电磁机去铁、镍等磁性物质，作为有机肥的生产原料，后期借助标准的生产有机肥加工设备，就可以生产合格的、质量好的生物有机肥和有机无机复混肥等。
